元灭宋后，又取得了宋封的南宗“衍圣公”孔洙。忽必烈要封孔洙为“衍圣公”，孔洙让位于居住在曲阜的孔子的后代，不愿意受封于蒙元，忽必烈无奈，便改封他为国子监祭酒，免去“衍圣公”封号，暂时结束了北宗、南宗并列的局面。
但是当年孔端友随宋高宗南下，不屈从异族的气节却保留在江南士子的心里，无形之中，还是在心里刻意的将孔子家族的南北宗分开。理由是北方长期被蒙元等异族盘踞，曲阜孔庙却没有起到应该的教化作用，而是选择了投靠异族。
所以江南士子在心里还是将衢州的孔庙奉为正宗，同时，也造就了江南士林中的人才辈出，方孝孺认为，要赢得更多士子的拥护，那就要将文化中心重新搬回北方来，打造曲阜孔庙的威信，成为目前最重要的事情。
这样做，不但可以打击江南儒林的士气，而且趁势可以树立北方儒林的正宗，方孝孺考虑了很久时间，没有以自己出身于江南士林有丝毫顾忌，反而大胆的开始通过自己的学生还有太子想要达成这个事情。
在他的心里，江南士子已经被商贾们腐化了，特别是最近十余年浙江永嘉、永康学派的抬头，更是让方孝孺对江南士林的失望，他要在曲阜打造新儒学，趁机统一儒家的思想，因为这样才能挽回士子们已经被腐化了的心。
朱允炆何尝不知道方孝孺的想法，但是到底是和自己的儿子打擂台，还是给自己儿子一个锻炼的机会，他还没有想透，因为他不知道方孝孺的心思到底有多大。
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