武宗皇帝不得已，只能应允，只待转日发旨，逮捕刘瑾等人下狱治罪，给大臣们一个交代。
其实，朝中大臣此时大可给明武宗“情面”，先流放了这些太监。只要这些人离开皇帝左右，到时候想杀想剐，容易得很。但阁臣刘健等人，得理不饶人，非逼明武宗表态，立马要收拾刘瑾等得宠的公公，让明武宗很不舒服。惶急之中，刘瑾等人忧泣不知所为。
其实，大臣当中，当时的兵部尚书许进就是个明白人，他说：“这些宦官被流放在外就足够了，如果逼急了他们，没准会有甘露之变那样的事情发生！”众人不听。
恰巧，吏部尚书焦芳是个坏人，他一直与刘瑾交好，便马上通知刘瑾朝臣动向，并暗中为刘公公等人出主意。于是，当天深夜，明武宗正在宴饮听戏之际，刘瑾、张永、谷大用等八个人忽然出现，向小主子跪地叩头不已，大声哭泣喊冤。
见此“惨”状，明武宗也起悯然之情。
刘瑾哭诉：“陷害我们的，主凶是王岳！”
武宗皇帝不解：“为什么说是他？”
刘瑾：“王岳提领东厂，与外臣相勾结，里应外合，想陷害我们几个忠心耿耿的奴才！朝臣们所说奴辈等买鹰进犬供陛下玩乐，难道只有我们几个，王岳没份儿吗？”
听闻王岳与朝臣里外交通，明武宗怒从心头起：“应该马上先逮捕这个吃里扒外的王岳！”
刘瑾察言观色，深知机不可失，时不再来，马上进言：“狗马鹰兔这类玩意儿，何损万岁您盛德！如今左班大臣敢于大言无忌的原因，是司礼监没有我们自己人啊。如果陛下您让自己人掌握司礼监，谁还敢嚷嚷！”
明武宗大悟，他立即传旨命刘瑾入掌司礼监，并“提督团营”。这样一来，东厂、西厂这样的特务机关不仅掌握于刘瑾手中，他还有了京城禁卫军的指挥权（刘瑾为“总指挥”，丘聚提督东厂，谷大用提督西厂，张永等人掌管禁卫军营务，分据要地）。
刘瑾连夜安排布置。太监可比朝臣们果断得多，他们立刻逮捕王岳等不与自己一心的原上司，将其流放南京。
大事忙了一宿，外廷大臣什么都不知道，皆被蒙在鼓里。
转天早朝，众官正要上奏逮治刘瑾等人。未等开口，有中官宣旨，宣布了皇帝对刘瑾等人的新任命以及对王岳等人的处治。
朝臣一时愕然。谁能料想，一夜之间，情况大变。
刘健等阁臣知道事情不可挽回，只得上章求去。明武宗自然乐得清闲，交与刘瑾处理。刘瑾自然“批准”，勒令刘健、谢迁致仕，独留李东阳一人看守内阁。
李东阳能留下，是因为日前阁议时，刘健拍案痛哭，谢迁大骂宦官不止，唯独李东阳一人反应不是很激烈，沉默无言。刘瑾耳目多，侦知此情后，才决定留下李东阳一人当障眼牌。
消息传出，山西道御史刘玉等人上书恳谏，要求武宗皇帝不要弃逐顾命大臣。武宗览奏大怒，把几人逮捕入狱，削职为民。
看到皇帝如此表态，刘瑾等人更加肆无忌惮，日以深文峻法诛囚诸臣，使得大臣们自救不暇，没人再敢进言。
眼看刘瑾主事后大臣们的奏章少了很多，明武宗感觉耳目清静许多。欢喜之余，他觉得刘公公办事有能力，深可信赖，大加倚用。刘瑾当然不会放过老上级王岳公公，派人于半路追杀之。
刘瑾非常有心机，素善矫饰，对老同事谷大用等人办事也非常“挑剔”，以显示他的“公心”。这样做，既震慑了同辈，又在明武宗面前卖了好。武宗直称赞他执法公允。
为了拉帮手，刘瑾擢升首先向自己告密的吏部尚书焦芳为大学士，入阁办公。二人表里为奸。
外廷有了焦芳这么一个同谋，刘瑾羽翼顿丰，办事更加顺手。依据明代制度，吏部首长不能兼任内阁之事。因为内阁负责看详拟票，吏部负责官员铨选，如果二者由一人兼而有之，就相当于总理兼任组织部长，把宰相的职责都拿到手里。明朝立国以来，一直禁行这种任命。刘瑾打破成法，由自己人焦芳一人兼两任，主要是为了他们办事方便。
由于先前户部尚书韩文也是率导众臣劾奏太监的带头人，刘瑾自然不放过他，日伺其过，找茬把韩文贬官，逐回老家为民。改任吏部尚书的许进与刘瑾意见相左，也被刘瑾逐出。只要有大臣上章疏提意见不符刘瑾心意的，轻则免官，重则入狱被杀。
时任兵部主事的王守仁上书谏明武宗惩罚言臣太过，刘瑾览之大怒，矫诏逮王守仁入狱，狠杖五十大板，几乎把王主事活活打死，然后罚他为贵州龙场驿丞。流放途中，刘瑾派人在途中伺伏，想置王守仁于死地。行到杭州，王守仁怕自己被害死，连夜把衣服抛入水中，又写遗诗“百年臣子悲何极，夜夜江涛泣子胥”，想造成投水自杀的假象骗过杀手的追杀。这一招做得很到位，连其家人都以为他真死了，服丧告殡。王守仁隐姓埋名，窜入武夷山中，终于逃脱刘瑾的毒手。但不久，他又怕自己连累其父王华，只得重返“人间”，赴贵州龙场充当驿丞。王华时任南京吏部尚书，刘瑾强逼他退休。
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