杨维垣出于私心（为反驳倪元璐），也不观察当时政事的进展是否对阮大铖有利，就把第二份攻击阉党和东林党共为“奸党”的疏奏呈交给皇帝。由此，东林党人把阮大铖视为大奸大逆，并在随后对阉党的清算中把他打入“逆案”名单，惩罚结果是“永不叙用”。
投机不成的阮大铖虽然倒霉，但他是大地主出身，有钱有闲，又是大戏曲家，就流寓于南京，弄出一支高级戏班子，借戏遣愁，自娱自乐。
这位落魄老才子，使得当地的一些东林党士子大为不爽，以顾杲、黄宗羲等人为首，他们发扬痛打落水狗的精神，联合签名，写了一篇名为《留都防乱公揭》的“大字报”，把阮大铖说成南京可能发生的“动乱”毒瘤。
这样一来，阮大铖有口难辩，毕竟他名列钦定“逆案”名单，东林仇人遍地，只能灰溜溜离开南京，跑去牛首山“隐居”。
张溥的“复社”用巨款行贿崇祯帝身边的司礼太监，使得周延儒能重返北京政坛当首辅，当时的阮大铖也从中出钱出力。对此，周相爷准备“投桃报李”。但碍于东林党人势力强大，周延儒不敢公开起用阮大胡子，就取用中间手法，让阮大铖推荐一个好友当官。思来想去，阮大铖就推荐与自己同中万历四十四年会试榜的朋友马士英重新出山。
这位马爷本来当过宣化巡抚，中间因为贪污罪被罢职。至此，周延儒为还阮大铖“人情”，把马士英的职位恢复，使他坐上凤阳总督的位子。马阮二人由此成为莫逆之交。
弘光帝继位后，马士英把持朝中大权，自然首先想到昔日的恩人阮大铖，说服弘光帝直接任命他为兵部右侍郎。
从马士英本人讲，他举荐阮大铖入南京，只是人情还人情，起先绝无为“逆案”翻案的意思。不料，此举却捅了东林党这个大马蜂窝，他们群起而攻之，以刘宗周、黄宗羲等人为代表，不断上书，危言耸听，指斥阮大铖是阉党骨干，如果起用他，国将不国。
于是，大学士姜曰广、户科给事中罗万象、兵部侍郎吕大器等人，纷纷痛心疾首，上疏弘光帝，责斥马士英不顾崇祯帝尸骨未寒就翻逆案，是浊乱朝政的大恶之事，指责马士英有意把弘光帝当成曹髦那样的末世庸君来掌控。
言语汹汹之下，马士英极其窝火，但也不得不暂时中止让阮大铖入朝的行动。
不久，在左良玉军中当监军的巡按御史黄澍入朝觐见弘光帝。黄澍此来，主要是受左良玉所遣，伺察弘光朝廷虚实。出于门户私见，这位东林党人在朝堂行礼完毕，即呼奏道：“臣今来朝，誓当冒死以击奸贼！”
弘光帝愕然，问：“卿以谁为奸贼？”
黄澍大声回答：“奸臣大贼，乃马士英也！此人被先帝殊宠，由罪人擢为凤阳总督，逢北京被困，他拥兵坐视，不发一兵相救，全无人臣之心。马贼既不忠于先帝，又怎能忠于皇上！此外，凤阳乃祖陵，大明发祥之地，马士英闻警即逃，不守祖庙，不仅他自己是不忠之乱贼，又陷皇上为不孝之子孙，万死而有余辜！”
黄澍边骂边哭，上前大扇马士英嘴巴。在场群臣，无不凄然动容，弘光帝也面红耳赤，熟视良久，对阁臣说：“黄御史所言有理，可详细奏之。”
于是，黄澍当庭历数马士英罪恶，使得这位大学士脸面皆无，“惶急无以应，气索声嘶”，只得向弘光帝叩头乞罢。弘光帝当时准奏。
马士英当然不甘心如此退出南京政治中心。他回家后，立刻上书，吓唬弘光帝说：“为臣一旦离京而去，四镇皆失势，朝中大臣肯定拥立潞王为帝。”此外，密得马士英重金贿赂的原福王府两个太监也在宫内“流涕”劝说弘光帝：“皇上您如无马公，不可能正大位。如果逐出马公，天下人皆会认定皇上是忘恩负义。而且，马公在内阁，万事担当，皇上可以整日悠闲自在。如无马公，朝臣有谁肯顾惜皇上？”
弘光帝本来就是昏淫之君，耳根极软，很快就重新召马士英回朝。
这时的马士英，恨极了东林党人，召阮大铖密议，想方设法击垮朝中反对势力。
阮大铖咬牙切齿：“彼攻‘逆案’，我们应作‘顺案’以反击。”所谓“顺案”，就是要清算北京明臣投附“大顺”的失身降贼行为。当时降附农民军的官员中有不少人是东林一系，马士英就上疏，准备兴起大狱。
由此，东林党势力大损。吕大器、姜曰广、刘宗周等人，因先前在“策应”时没有拥戴福王，不安于位，纷纷离职而去。
姜曰广陛辞时，南明小朝廷还上演了一幕忠奸争骂的戏。
弘光帝上朝，群臣陪列。姜曰广说：“微臣我触忤权奸，自分万死；圣恩宽大，犹许归田。”
马士英勃然大怒：“我为权奸，你是老贼！”随即，他叩头对弘光帝说：“臣从满朝异议中推戴皇上，愿以犬马余生归老贵阳，避贤路。如陛下留臣，臣亦但多一死而已！”
姜曰广叱之：“拥戴皇帝登基，也是人臣居功的口实吗？”
马士英反唇相讥：“我无功，难道你们谋立潞王有功吗？”
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