但是，由于黄宗羲等人活得长，他们又以“正人”面目出现，当时后世，他的《弘光实录钞》以及他弟子、党人的作品，哄住了不少人。
所以，马士英上疏中所弹劾的东林党人丑行，不是全无根据：
缙绅之贪横无耻，至先帝末年而已极。结党营私，招权纳贿，以致国事败坏，祸及宗社。闯贼入都之日，死忠者寥寥，降贼者强半。侍从之班，清华之选，素号正人君子之流，如科臣光时亨力阻南迁之议而身先迎贼，龚鼎孳降贼后每语人以“我本要死，小妾不肯”为辞。其他逆臣，不可枚举。台省不纠弹，司寇不行法，臣窃疑焉。更有大逆之尤者，如庶吉士周钟劝进未已，复上书劝贼早定江南，寄书其子，称贼为新主，盛夸其英武仁明及恩遇之隆，以摇惑东南亲友。昨臣病中，东镇刘泽清来见，诵其劝进表云：“比尧、舜而多武功，迈汤、武而无惭德。”又闻其过先帝梓宫之前，扬扬得意，竟不下马。臣闻之不胜发指……（《小腆纪年附考》）
由于东林党人的煽动，南京士民更是个个义愤填膺，本来他们就恨马士英等人专权贪黩，如今有“太子”入京而被囚禁，百姓们终于找到宣泄口，公开叫嚷要替太子“申冤”。
小民之见，大可不听，但军头中有人出面，不能不让弘光帝心慌。
“四镇”之一的黄得功出于公忠之心，上疏说：“东宫未必假冒，各官逢迎。不知的系何人辩明，何人定为奸伪？先帝之子，即陛下之子，未有不明不白付之刑狱，混然雷同，将人臣之义谓何！恐在廷诸臣，谄徇者多，抗颜者少。即明白识认，亦谁敢出头取祸乎！”
众议纷纷之下，弘光帝不敢怠慢，一再嘱咐执掌诏狱的人不要对“太子”用刑，并让人拿出北京皇宫的样式图叫“太子”辨认。
当时，这位小爷很聪明，估计事先做过一些准备，竟然能指出皇后和东宫的位置。三月初，众官会审，他还认得出哪位是太子东宫从前的日讲官方拱乾。
但是，等到曾亲教太子读书三年的弘光朝大学士王铎出场，假太子马上原形毕露。
首先，真的崇祯太子浓眉大眼，声高背厚，行庄立肃，有储君之风（现在的电视剧中，无论是崇祯帝还是康熙，不管是汉武帝还是唐明皇，皆侧倚斜坐，完全无人君之风。古代帝王，当王子时皆受正统教育，个个会摆端庄之态，绝不似电视剧中皇帝们的作风），而这位假太子，唇红齿白，清秀伶俐，一看就是个人精。
所以，王铎看一眼即知此人是假，便上前问：“你认得我吗？”
“假太子”不知这位爷是谁，本能地回答：“不识。”（估计王铎长相不如方拱乾有特色）
“你在何处接受大臣的讲书？”王铎问。
“太子”想了想：“文华殿。”（其实应该是端敬殿）
王铎问：“案几之上，平时所置何物？”
“太子”懵懵然，回答不出。那样的细节，现编是编不出的。
又经一系列质问，“太子”汗流色战，呆在当场。
王铎知其是假冒，便大喝左右锦衣卫把这位小爷绑上。
这一折腾，年轻人忽然下跪，泪流满面，招供说：“小人名叫王之明，乃驸马都尉王昺的侄孙，南逃途中，遇见穆虎，他教唆我冒充太子，本来是想到各地方官员处敲诈些钱财……”
不仅王铎察觉王之明是假太子，在朝曾经给真太子朱慈烺讲过课的刘正宗、李景廉以及东宫伴读太监丘执中，都认定他是假冒。所以，弘光朝满朝大臣，当时绝对是在场静观，皆知此太子为假太子。就连在外地的史可法，也根据左懋第从北京发来的秘密报告，上疏弘光帝表示这个太子是假冒的。
日后，“太子案”之所以沸沸扬扬，皆是东林一系好事者所为。
如此，真相大白。高梦箕家的仆人狡黠（不排除稍后高梦箕本人有想拥假太子入福建称帝的可能性），最初可能只想让他冒充太子合伙骗银子，谁知越玩越大，最后把好多人都玩了进去。
即使如此，弘光帝也没有即刻派人杀掉王之明，并对臣子们说出下列掏心窝子话：
“先帝（崇祯帝）与朕，初无嫌怨，朕岂因贪图天下而害其血胤之心！但太祖之天下，不可以异姓顽童混乱之！”
两个多月后，南京被清军攻陷前，一群乱民入狱劫持“假太子”，为他穿上戏服当龙袍“登基”，最终为明朝大臣赵之龙所弹压，并持“伪太子”向清军投降。
弘光帝被擒后，多铎还故意设宴，让伪太子坐在弘光帝上首，质问：“崇祯太子逃难而来，你不让位，又下狱关他，于心何忍？”
弘光俯首不答。
多尔衮、多铎这些大清廷权贵，绝非好杀好打的简单武人，他们皆是心机险刻之人。北京的崇祯太子是真，他们力称是假，杀之；南京的太子是假，他们反而当众声称是真，做过“道具”后，押往北京，秘杀之。真真假假，依时局而定，真是阴险毒辣！
纵观“南渡三案”，离奇曲折，很简单的事，愈演愈烈，究其缘由，最主要是弘光君臣腐败，小人在朝，民心不附。
弘光一朝，文恬武嬉，腐败成风。国难当头，南都士大夫彻夜饮酒观戏，欢呼雀跃，比承平之时更加奢侈安乐，毫无失君亡国之痛，只有麻木不仁、恬然安乐之心。同时，为了支付巨额军费开支，南京小朝廷大肆搜刮、敲骨吸髓，时时加派，四镇四处抢掠，竟公开声称“奉命打粮”，最终使得社会矛盾愈演愈烈。
“太子案”的最大后果是左良玉起兵南下，上演南明弘光朝最大的窝里斗。
山雨欲来风满楼之际，弘光朝廷还就崇祯帝的庙号和谥号之事争论不休。
弘光帝继位后，为崇祯帝所上的庙号是“思宗”烈皇帝，大臣赵之龙认为这个庙号不是太好，上奏要求改动。弘光帝不许。
最后，礼部官员余煜据理力争：
按谥法：道德纯一曰思、追悔前过曰思。先帝（指崇祯帝）忧勤十七年，念念欲为尧、舜者也，遭家不造，乱阶频起；而所用之人，又皆忍于欺君，率致误国，于先帝何咎焉？道德纯一则似泛，追悔前过则似讥，于觐扬无当也。且唐、宋以来，未有谥“思”者。周之思王、汉之后主，闇弱何足述乎！
谥法：有功安民曰烈。今国破家亡，以身殉国，何烈之有？若激烈之“烈”，又非谥法之谓也。周之烈王、威烈王、汉之昭烈、魏之烈宗、唐之光烈帝，未尝殉难也。他日书之史册，将按谥法乎，不按谥法乎？故曰“思”“烈”二字举误也。
然则谥宜云何？先帝英明神武，人所共钦。而内无声色狗马之好，外无神仙土木之营；临难慷慨，合国君死社稷之义。千古未有之圣主，宜尊以千古未有之徽称。考订古今，不得已而拟其似，当谥曰毅宗正皇帝。
所言义正词严，心怀鬼胎的弘光帝不得不下诏批准。
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