忧急之间，被清军占领的婺源的明朝县令，是黄道周的学生，他给老师发来“密信”，表示说可以充当内应，要老师一定率军前来攻取婺源。其实，这个败类已经死心塌地为清廷卖命。
黄道周不知是计，贸然发三路兵马前往。结果，乌合之众，上下皆不知兵，半路全被预先设伏的清军击破。花甲老翁，明知不可为而为之，抱必死之心，坚不退回闽地，死守广信府孤城。清军势盛，各个击破。黄道周手下仅剩三百人，战马十匹，仍旧义无反顾，向前冲杀。
不料，途中黄道周正遇昔日史可法手下大将张天禄。这个降贼率清军一举击溃义师，生俘黄道周，将其押入婺源县城大牢。
活捉了隆武帝手下的大学士，张天禄欢喜不已，卑辞下意，向黄道周劝降。自然，此举招来老英雄一顿痛骂。
洪承畴闻之，即刻派手下人来劝，奉上好酒、好茶，表达了洪承畴的敬意之后，来人谀语道：“请黄相国用清茶一杯。”极尽媚态。黄道周掷杯于地，向来人痛斥洪承畴背恩求荣。然后，他开始绝食，并作《自悼诗》八首，现录其中之三，以彰老义士拳拳救国、忠君之念：
乐毅未归赵，鲁连不入秦；两书传白璧，只手动青苹。得止吾何憾，徽名世所亲。苍茫樵采者，不易写归麐。
已发英雄叹，仍多亲戚怜；经营文谢后，可在殷房前。夫子宁欺我，长文尚有天；春秋二百载，研泪纪新编。
求仁何所怨？失道未忘愁；故主日初旭，余生鸟自投。断崖千尺网，一苇大江舟。狂稺看吾独，驰驱答众尤。
由于黄道周官大名高，他被押送至南京关押。洪承畴亲至关押地（原来是南京宫城内的尚膳监）看望，想趁机劝降。
孰料，黄道周迎面一声断喝：“洪承畴为大明死义久矣，哪里又来一个洪承畴！你这个小人，不要冒充大明英烈！”
洪承畴脸红如火，无言而退。
被囚期间，黄道周俨如平日，与一同关押的弟子们讲习经典，吟诗咏文，并著诗文数卷。《台湾外记》中存诗数首，现择而录之：
火树难开眼，冰城倦着身；支天千古事，失路一时人。碧血题香草，白发逐钓纶。更无遗恨处，搔首为君亲。
诸子收吾骨，青天知我心；为谁分扳荡？不忍共浮沉。鹤怨空山曲，鸡啼中夜阴；南阳归路远，恨作卧龙吟。
羹沸犹余鼎，鱼空守暮矶；依然城郭在，仿佛人民非。溪浅须眉照，山深薇蕨肥；黄冠沧海里，望望未曾归。
闻听滩头飞鸟斜，伤心何处动悲笳？英雄运尽无良算，身亦轻来陷左车。
关押两个多月后，清廷下令杀害黄道周。黄道周赴刑场之前，写信给家人：“纲常万古，性命千秋。天地知我，家人何忧！”
被押行至南京东华门时，黄道周坐地不起，高声说：“这里与太祖皇帝陵寝甚近，可于此处杀我！”扭头之际，看见市坊中有福建门牌，老英雄更坚定了要受刑的决心：“福建，皇帝正在那里，临行拜君，臣子之礼。”言毕，他在这里南向再拜，慷慨就义。
与其同死者，还有职方主事赵士超等数位弟子门人。
黄道周精通天文历算，著有《易象正》《三易洞玑》《太函经》等著作，并用以推算自己的命数。他死后，家人整理其手稿，竟发现他早已预言自己将死于丙戌年，而这一年正是他身死之年。
愤懑之下，隆武帝再也不顾郑氏阻拦，携数千明兵“御驾亲征”。
这时候，平日在水上作威作福、杀掠抢劫的郑影等人忽然弃新城（今江西黎川）而逃，门户大开。郑芝龙早已暗中与清兵约降，福建各关隘均无人把守。
李成栋的清军在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州，很快攻陷郑鸿逵所守的仙霞关。
隆武帝想逃往湖南，不成，又想取道汀州去江西，此时，他的“御驾亲征”，其实已经变成“御驾亲逃”。
一边是隆武帝臣下的众叛亲离，离心离德；一边是李成栋的驭兵有方，指挥若定。此间情形，让人慨叹。
如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又死沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。
到汀州时，隆武帝的随从仅剩五百人。隆武帝在汀州刚刚歇过一口气，转天凌晨，就有大队身穿明军军服的人叩汀州城门，声言护驾。
守门士兵不知是计，城门一开，发现来人原来都是李成栋派出的化装的清军。
清军喝问：“谁是隆武？”随驾的福清伯周之藩挺身呼曰：“吾乃大明皇帝也。”清军群射之。周之藩拔箭，手杀数十人，最后脑后中箭，坠马被杀。将军熊纬督二十余人格斗，最后喉咙中箭而死。
隆武帝闻乱惊起，持刀刚入府堂，即为清军乱箭射杀。同时遇难的，还有其皇后曾氏和未满月的皇子。
将隆武帝一家三口的人头献上后，李成栋更得清廷垂青，被命与佟养甲一起，驻军福州，以观时变。
南明诸帝中，其实隆武帝是最有帝王气象的人，胸有大志，锐意进取，始终以恢复大明朝为念，坚持抗清。可惜的是，遭遇跋扈的郑芝龙家族，隆武帝常遭掣肘，最终大志难成，含恨而终。
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