为报新主提拔之恩，孙之獬一时间想不出什么平定大计，在让全家女眷全部放大脚之后，就走个“偏门”——主动剃发，上朝时想博个满堂彩。
不料，当时汉人官员仍是博冠大袖，明朝装束，见到孙之獬这一装束，心中都觉得可笑又可鄙，扬袖把他排挤出班。满族官员自恃是统治征服民族，也都纷纷脚踢笑骂，把他踹出满班。
恼羞成怒加上气急败坏，孙之獬下朝后立马写了一道奏章，向多尔衮建议在全境范围内给汉人剃发，其中有几句话直挠多尔衮心窝：
陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束发之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！
清帝顺治当时年仅七岁，国家大事全部由摄政王多尔衮一人决定。多尔衮本来就是阴沉、狠毒的性格，被孙之獬这一阴激，深觉其言甚是有理。而且，早在1644年入关之前，满人大学士希福已在盛京向朝廷进献了满文写的辽、金、元三朝史料，想使这些过往入主中原的历史经验“善足为法，恶足为戒”，其中最主要的警示，就是防止上层“汉化”。特别辽、金两朝，“汉化”最终导致皇族的消沉和委琐、懦弱。孙之獬的进言，正好挑起多尔衮的警惕之心，他想先从形式上消除“汉化”的潜在危险——好！我先下手为强，先给全体汉人来个“满化”，强迫剃发。
恶法逼人，本来渐趋平静的江南地区顿时如水入沸油般四处暴散起反抗的怒潮。“身体发肤，受之父母，不得毁伤。”一直以孔孟伦理为原则的中国人，无论官绅还是普通百姓，都不能接受自己剃发。遥想元朝，即使是统治中国近百年，也从未下令要汉人改变装束。
一朝天子一朝臣。以家族宗法儒学为源的中国人，或许能把朝代兴迭看成是天道循环，但如果有人要以衣冠相貌上强迫施行改变，把几千年的汉儒发式强行改成剃发梳辫，便是一种对人格尊严的侮辱。而且，在明朝人心目中，以这种形象活着，死后一定有愧于祖先，再无面目见先人于地下。
如果在文化、财产、等级等方面，士大夫和平常民众还存有歧异的话，在这种保卫自身精神和风俗的立场方面，所有的汉人，几乎都表现出惊人的一致性。
原本已经降附的地区纷纷反抗，整个中国大地陷入血雨腥风之中。连日后真心归附清朝的汉人学者王家桢，也在笔记中愤愤不平地记述道：
我朝（清）之初入中国也，衣冠一仍汉制（其实朱元璋下令是遵依唐制），凡中朝臣子皆束发顶进贤冠，为长服大袖，分为满汉两班。有山东进士孙之獬，阴为计，首剃发迎降，以冀独得欢心。乃归满班，则满以其为汉人也，不受；归汉班则汉以其为满饰也，不容。于是（孙之獬）羞愤上书……于是削发令下，而中原之民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗，处处蜂起，江南百万生灵，尽膏野草，皆（孙）之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸。（《研堂见闻杂记》）
不过三年后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。恰好赶上山东谢迁等人起义，义军攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百口被愤怒的民众一并杀死，“皆备极淫惨以毙”。
“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”孙之獬此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
1645年6月28日，清廷再次传谕：“近者一月，远者三月，各取剃发归顺。”
这样一来，剃发就成了绝对死命令。
如此野蛮的“留发不留头”，引发了江南汉族人民的强烈反抗。从苏州开始，抗争怒潮波延而起，常熟、太仓、嘉定、昆山、江阴、嘉兴、松江，处处义旗，人人思愤。清军王爷多铎大肆镇压，江南胜地，顿时血流成河。
“华人变为夷，苟活不如死。”悲愤之下，江阴这个素以礼仪之邦著称的城市，人民纷纷起义，誓死不剃发，不投降，并推举前明典史阎应元入城主政，紧闭城门，誓死抵抗，最终，仅江阴一地就有二十多万人被杀。除了江阴之外，昆山人民也因为反抗剃发令被杀数万。最惨的是嘉定清军三次屠城，在这样狭小的区域中杀掉近十万人……
剃发令下，血流成河，江南人民以数百万头颅的代价，终于认清了清朝统治者的凶残面目。至此，他们对于“大清”的幻想，告于终结。所以，强迫剃发之举，不仅仅戕杀了无数人命，也严重阻碍了清王朝在中国的统一进程。
以李自成余部为例，自李自成通山被杀，其属下数十万人一时间群龙无首。马进忠、王允成、牛万才等人皆在岳州等地向清朝英亲王阿济格表示归降；刘体纯、田见秀等人向清将佟养和归降，安置荆州；李锦、高一功等人向武昌清军投札，表示在湖南归顺；郝摇旗等人也写降表，皆有归降之意。而且，根据清朝档案，这些农民军头领的降表书札，一应俱全，且当时决非“诈降”。因为农民军与明军二虎相斗，两败俱伤，当时的胜利者，唯有清军一方，向他们降附，大势当然之举。但是，所有这些农民军军将，皆要求以“不剃头”为条件。
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