长春真人最后完全得到成吉思汗的认可，还在一定程度上减轻了蒙古蛮夷对汉人的残酷杀戮。
嘉定十六年春，在成吉思汗身边呆了一个年头。由于思念故土，长春真人决定东归。成吉思汗赐给他许多金银财宝，却遭到谢绝。于是，成吉思汗下诏免除全真教徒的赋税，并命燕京行省将原金朝的御花园赏给全真教建造宫观。
由于成吉思汗的大力支持，引起了佛教的嫉妒不满，但是成吉思汗在位的时间，有了成吉思汗的支持，全真教的积极行动起来，救黎民百姓于水深火热之中，触动了不少当时的佛教或者是蒙古贵族的利益，这股力量在成吉思汗在位的时候还显示不出来，但是蒙哥即位以后，佛教已经深得蒙古权贵的尊宠，有了官方的支持，佛教徒放手反击。这时候，少林寺的一位长老裕公首先发难，向官府举报道教伪造《老子化胡经》，蒙哥再次不由分说，将佛道两家的领袖人物一齐召到和林城，要他们当面对质，辩论是非。
在和林的万安宫，佛教向全真教徒发起了猛烈的进攻，最要害的一项，就是指责全真教大肆宣扬的《老子化胡经》，指责该经杜撰了老子西出关，到了印度，最终成了释迦牟尼老师的故事，由此认为三教之中，道教最大。但是这种表现出来的中原地区的文化优越感，恰恰是蒙古人所忌讳的，“化胡”两个字让全真教的教领们百口莫辩，一败涂地。
宝佑六年，当时的蒙古大汗蒙哥又委托忽必烈主持了一次僧道论辩。忽必烈再次出面，召集两教人士进行大辩论，两教各出精英共五百余人，汇聚到当时的王府开平城，儒家方面也出动领袖人物作为中间人，仲裁两家的胜负，一时内蒙古大草原上汇聚了大量的宗教学者。
但是此次大辩论，在忽必烈的可以维护下，全真教又一次大败。全真教至此遭遇重创，道教经典被焚毁，五百多处道观被勒令交给佛教徒进驻，参加这次辩论的十七名全真教领袖人物，被强行押往寺院，剃发为僧，分头监禁，并发布文告：“其落发道士，遍散诸寺，无一逃失，若去了者，与贼同罪”。像管贼一样“监督修行”，全真教从此一蹶不振。
全真教的落败，标志着道教的全面溃败，正一教虽然在南方受到的影响小了一些，但是也被佛教压的抬不起头来。
一直到如今，大明建立，在太祖高皇帝一碗水端平的情况下，道教仍只是保持着不温不火的发展势头，论普及性，还不如被朱允炆压制过的佛教。
张宇初说到这里的时候，脸上竟然露出一种不安起来，他不敢对皇上有所隐瞒，因为正一教一直走的是高层路线，在官员和宫廷之中占有一定份量，但是这种基础远远不如信奉佛教之千万百姓来的雄厚，他的底气来自于皇家，所以对于皇家的看法保留着一丝畏惧之心。
朱允炆知道，朱元璋不但不是虔诚的宗教信徒，甚至可能是无神论者。他对于宗教的基本态度，一直是把宗教看作是可供利用、强化皇权的工具，特别是大明立国之后，朱元璋对宗教的态度乃从利用转为利用中有所整治，并着重于“整治”，要将宗教导入非政治领域，比如说禁绝明教的宗教信仰之行为，明教可是大明立国之初的根本啊。
总之来说，老朱在建立大明前，积极的利用宗教信仰与宗教力量来汇聚其武力、建立正统性，对抗当时的蒙元与其它义军；等到建立大明王朝，则反过来将宗教置于国家的控制之下，将宗教形塑成巩固现王朝、或最少不能对抗现王朝的工具。
这种做法无论是哪个开国皇帝都会使用的手段，他们不敢让宗教保持统一，如果要是佛道二教开始和解，恐怕朱元璋第一个就会站出来将其中一个打压下去，甚至灭掉。因为大明初始是依据宗教信仰而建立的，他害怕宗教的力量，所以对于宗教的态度没有之前的历朝各代皇帝旗帜鲜明。
不过张宇初讲解的道教历史，以及佛道两教之间的争端，使朱允炆打开眼界，在另一个时空的时候，宗教由于科学的进步已经退居到一个次要的位置上了，所以他的感受并不深，甚至在另一个时空中，还是一个无神论者。以至于来到大明之后，丝毫没有重视宗教的事情，就算是压制佛教，也是一时兴起，出于对佛教占地和影响大明财政的考虑。
从来没有站在一个信仰的角度来看待问题，本来以为不重要，但是面对着七千万的大明百姓，教育没有跟上的话，还是需要宗教的引导。
在听张宇初讲解的时候，朱允炆想起了基督教的十字军东征、***教的圣战、甚至那摇摇欲坠的日本武士道等等，不都是借助信仰的力量去完成一件有一件灭绝人性的战争吗？
特别是现在通讯不畅的情况下，利用宗教信仰来统治人心，是十分合适的选择。方孝孺言简意赅的指出：“若崇尚者从而有之，则世人皆虚无，非时王之治；若绝弃之而杳然，则世无鬼神，人无畏矣。”清楚的指出：不可过度相信宗教，否则会陷入虚无，如果百姓都如此，则有害为政；但也不能完全不谈，否则会使人民全无所惧。
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