康熙假仁慈，经他亲笔勾决，只判处黄裁缝等九人凌迟处死，其余一百九十四人“宽大”处理，改为斩头处决！
杨起隆案件被破获后四个月，康熙十三年四月初，清朝的河北总兵官蔡禄暗中联合襄阳总兵官杨来嘉密谋起事，准备响应吴三桂。蔡禄与杨来嘉原来都是郑成功的裨将。郑成功去世后，他们率部投降清朝。如今，眼看吴三桂军力强大，他们就准备随之起事。对此，康熙不敢怠慢，马上派遣内大臣阿密达率领禁卫军即刻赶往蔡禄驻防地怀庆（今河南沁阳），将蔡禄父子及同谋者逮捕，而后押解北京审问。
擒杀蔡禄父子，不仅保证了清朝后院的安定，也使得清朝在畿辅地区逐步加强了戒备，并加快了对吴应熊的处理。吴三桂造反多时，其子吴应熊依旧活在京城，终究是个大隐患。不久，清朝兵部尚书王熙又上奏疏，恳请康熙皇帝诛杀吴三桂“逆子”。
如在平时，谁也不敢上疏劾奏吴应熊。从辈分上说，吴三桂的儿子吴应熊乃康熙亲姑父，属于清朝皇室直系亲属。先前之所以留吴应熊一命，康熙帝倒不是出于亲戚考虑，而是想以吴应熊为筹码，看是否有招降吴三桂的可能性。
于是，康熙特下谕旨，准备处决这位亲姑父。由于姑姑求情，加上吴应熊确实一直不同意父亲反清，康熙心一“软”，也“宽大”处理了吴三桂长子吴应熊和长孙吴世霖——由凌迟改成绳索绞死。除吴应熊和公主所生的吴世霖之外，还有妾生儿子多人，都是刚刚会走路的娃娃，后被康熙罚为阉奴。
但凡读过金庸《鹿鼎记》的人，都对吴应熊这个人物有印象，几乎就是被主人公韦小宝玩弄于股掌之上的笑料人物。韦小宝第一次与吴应熊相遇，就以无赖耍滑，狠狠敲诈了他一笔。后来在平西王府，更是串通公主将他阉割，然后挟持其回京给清廷作为人质……
真实历史中的吴应熊，是个软弱的美男子，和他的公主老婆关系特别好，最终成为父亲吴三桂和皇帝康熙政治斗争的牺牲品。
吴三桂起兵之初，当然曾经认真考虑过儿孙的安危，还派人到京城劝说过吴应熊尽速返回昆明。可惜，当初吴应熊沉湎于妻儿天伦之乐中。而吴三桂呢，属下把吴应熊一个庶子偷运回昆明后，其心稍安。内心深处，他也认为无论如何康熙不敢在北京对自己儿孙动手，没想到康熙帝做事能够如此狠绝。
清廷绞死吴应熊、吴世霖父子，乃公告全国的大事，吴三桂马上得知消息，禁不住老泪纵横。
无论如何，“开弓没有回头箭”。事已至此，只得硬着头皮继续干下去。
仅仅三个多月，吴三桂所点燃的烽火，已经烧到了滇、黔、楚、蜀四省。很快，福建、江西、浙江、广东、陕西等省或地区，也相继向吴三桂投降。
这次军事、政治危机的规模之大，范围之广，几乎超出了清廷的承受能力！
以往说起“三藩之乱”，说起吴三桂起兵，都强调的是康熙多么英明神武，清廷多么迅速地平叛。其实，三藩起事时间长达八年，而且，吴三桂起事，绝非仅仅为了实现个人野心而裹胁军民百姓那么简单。回顾三藩起事的过程，全国响应吴三桂的，几乎都是各地的汉人，既包括昔日明朝降将以及南明残余势力，也包括从前李自成、张献忠和郑成功余部的汉军，各地百姓，也有许多人踊跃加入。所有这些，都明白无误地表明——入关已经三十年的清朝统治者，由于多年盘剥和疑忌，依旧不得人心。所以，吴三桂登高一呼，才有那么多人群起响应。
积极参与吴三桂的军事行动，乃汉人百姓对清朝统治愤怒的集体爆发。虽然吴三桂起事过程中裹胁了不少汉人参与，但从民心角度而言，根源于清朝多年来的残酷统治和横征暴敛。而许多明朝遗民的初衷，也和吴三桂一己之私完全无关，他们所关注的只有复明大业和汉民族的衣冠恢复。
此时更让清廷和康熙帝感到万蚁上身的，是广西的孙延龄也宣布投靠吴三桂了！
作为孔有德女婿的孙延龄，娶了每年俸禄等同清朝郡王的孔四贞。这样一个清廷待之恩德甚厚的封疆大吏，竟然因为同僚王永年揭发他跋扈不法而怀恨在心。康熙十三年二月，当吴三桂派其从孙吴世琮来攻粤西之时，孙延龄连抵抗都没有，即刻宣布投降。随后，他做的第一件事情，就是杀掉了素不相和的老同事王永年。而后，他又派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署，活捉了马雄镇。
孙延龄起兵的目的在于报私怨私仇，并能够割据广西。所以，他一方面接受吴三桂的任命，另一方面依旧给康熙上疏，辩解说自己是因为部下都统王永年等人想“谋害”自己而起兵。
康熙当然不信，马上命令广东的平南王尚可喜和两广总督金光祖、广西提督马雄三人会商，派他们率领官兵去平灭孙延龄。
孙延龄叛清之时，广西提督马雄并未从叛，他和孙延龄本来关系就紧张。为此，当孙延龄派人前往柳州招诱马雄时，遭到严词拒绝。孙延龄大怒，自己率兵进攻马雄，结果反被马雄击败。但随着吴三桂大军进入广西，马雄所部感到难以抵抗，只得答应投降。当时马雄投降有个条件，只降平西王，不降孙延龄。
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