不仅军队大有起色，袁世凯还在北方创建了中国最早成体系的警察部队，设置巡警学堂，开始经营近现代的城市管理。五大臣被炸事件后，他趁机奏建巡警部。日后得势的赵秉钧，正是此时由他推荐保任为巡警部侍郎，所以才死心塌地为其办事。
至于财权，袁世凯也不疏忽。他从盛宣怀手中拿过来电报局、轮船招商局等“国企”后，还垄断食盐销售，获取制币权，开创矿山、工厂，大征税利。综观其行，可谓是吸全国之财，以供北洋练兵。
慈禧不动声色，先看着袁世凯折腾，尽他表演。然后，1906年，趁官制改革的时候，开始逐渐削夺他的军权。慈禧先设陆军部，以袁世凯的对手铁良为尚书，一统全国军政。
冰雪聪明的袁世凯非常识时务，马上以退为进，自己上奏，主动把北洋六镇中的四镇立刻划归陆军部。1907年，慈禧“提升”袁世凯为军机大臣兼外交部尚书。此举，实际上是想让他大龙离水，脱离直隶的老地盘。而且，为了从长计议，慈禧还把北洋军的筹饷权和学堂管辖权，皆划归陆军部。
即便如此分解，也阻挡不住北洋军势力的成型。
北洋系的力量一直在逐渐膨胀，遍控国内关隘——第一镇驻北京，第二镇驻直隶永平府及山海关，第三镇驻保定及奉天锦州府，第四镇驻天津小站，第五镇驻济南，第六镇驻北京南苑。
袁世凯本人，仅看他当时一人兼带的头衔，就可知其掌握了多少重要部门——会办练兵大臣，督办邮电大臣，督办关内外铁路大臣，督办津镇铁路大臣，督办京汉铁路大臣……
北洋系与清廷的分道扬镳
慈禧虽对袁世凯有所警惕、控遏，但仍用“优礼”控制他，并没有真起杀心。毕竟，她还要倚重袁世凯和北洋集团的力量。但是，轮到摄政王载沣主政，风云突变，袁世凯面临前所未有的危险。
载沣以摄政王身份监国伊始，立刻就想对袁世凯杀之而后快。隆裕太后，作为光绪帝的皇后，自然对袁世凯不会有什么好感，她基本同意载沣的意见。凡事要一步一步来，除去袁世凯这样的“大鳄”更不能轻举妄动。他们决定先驾空袁世凯。于是，朝中批裁折件等事，载沣全交予张之洞、世续等人办理，不让袁世凯插手。
1908年12月2日，溥仪即帝位，定第二年为宣统元年。新帝登基，照例对大臣有“恩泽”，赐庆亲王奕劻“亲王世袭罔替”，赏袁世凯、张之洞太子太保衔、用紫缰。这件小事，引起汉人御史江春霖不满。他上折表示，朝廷的优赏不当，还把庆亲王奕劻和袁世凯比拟为“宵小”。宗室成员善耆、载泽乘机进言载沣，认为慈禧太后一死，以后再无人能威摄袁世凯，如果不下手除掉他，异日祸不可测。同时，他们暗中告知载沣说，外间有袁世凯企图拥推隆裕太后垂帘听政的传闻。
载沣闻之，怒从中起，派人拟了一道把袁世凯革职治罪的谕旨，准备对这位手握重兵的汉人大员下手。为了行之有理，免遭隆裕太后和王公大臣的责难，他找来庆亲王奕劻和张之洞商量。
庆亲王马上摇头：“杀袁世凯，不是件难事。可是，杀他，罪名不彰，死不以罪。如果人杀了，北洋军起来造反怎么办？”
载沣听此言，心里咯噔一声沉了下来。他转眼望张之洞，希望袁世凯的这个“政敌”能帮自己。
岂料，张之洞更加老成持重：“主少国疑，此时万不可轻易诛戮大臣！”
这两个人不同意，载沣要杀要定罪袁世凯，就变成一件十分难办的事情。当时的清朝，已有定例，所有谕旨，必须由军机大臣副署才能生效。可以想见，庆亲王奕劻、张之洞两个人不同意，那桐肯定也不同意（此位清人是袁世凯铁哥们）。至于世续、鹿传霖等官场老手，更不见得在关键时刻会附和载沣。
载沣不得已，只能以袁世凯有“足疾”为借口，把他开缺回籍。虽然政见上分歧不少，张之洞思多年交情，劝过载沣下朝后，他就派人对袁世凯“委婉”表达了隆裕太后和载沣的意思。庆亲王奕劻更积极，他对常年孝敬他的袁世凯深为关心，让人劝他赶紧回家“休息”。袁世凯如受惊之兔，即刻窜往天津。
本来，他想先到天津，然后从那里坐船，逃亡日本去“政治避难”。岂料，在天津当直隶总督的杨士骧闻讯，马上派儿子出面，劝袁世凯赶紧回京遵旨回原籍：“如果大人您在国丧期间擅除缟素，又不遵旨，一旦太后有旨拿您回京法办，我父亲也罩不住您！”言语之间，充满冰冷的威胁。
杨士骧兄弟三人，在清末一直得益于袁世凯“照顾”。关键时刻，他们如此冷淡寡情，可见官场人情之薄。
于是，1906年1月6日，冷风之中，袁世凯从北京凄然回到老家。保住了性命其实已经是当时的万幸。倘若载沣有他先世万分之一的杀伐胆识和果断，袁世凯定难逃过屠戮。
袁世凯被逐出北京权力中心后，摄政王载沣竭尽所能开始中央集权的步伐。首先，载沣本人代理海陆军大元帅。其次，升格军咨处为军咨府，由良弼掌握实权。再次，以留日归来的、与良弼大有关联的士官生替代北洋系军官。特别是北京城内练兵处、军咨府和陆军部，基本都由士官生出身的军官掌握。在北洋六镇中，十年内大概有六百多名日本的留学生陆续被派入北洋部队，吴禄贞、蓝天蔚、张绍曾这三个留日派青年军官皆占据要职，开始在北洋军中不断加重“掺沙子”的比例。最后，对于袁世凯一系的官员也逐步剪除，革职邮传部尚书陈壁，卸调徐世昌东三省总督的地方大权，对黑龙江布政使倪嗣冲抄家，勒令把持北京警察指挥权的赵秉钧交出权柄，因“病”开缺江北提督王世珍……
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