不料想，烟尘过后，马蹄声静，映入北京士民眼帘的，不是明朝太子，而是风尘仆仆、身骑高头大马、脑后拖着大辫子的多尔衮清兵。
无论如何，北京城内，又有了一位“新主”。
可见，清军入关，吴三桂是最大的“功臣”！
明朝灭亡后，明朝在南方的官员和士大夫先后拥立起一个个小朝廷。其中，福王朱由榔的永历政权存在最久，一直辗转流亡，长达十五年。由于有了这么一个明朝标志人物，明朝遗民心中正朔仍在，永历政权就成为清朝统一全国的严重障碍。
在这种形势下，清廷重用吴三桂，命令他进军云、贵，为清朝统一西南。
顺治十五年二月二十五日，吴三桂从汉中出发，经保宁（今四川阆中）、顺庆（今四川南充）、重庆，一路克捷，并于四月三十日攻克遵义，进入贵州。十一月十日，吴三桂率领大军由遵义进兵，攻克七星关险隘，发兵即撤，一下子打开了通向云南的大门，自此长驱而入，所向披靡。
顺治十六年正月初三日，吴三桂率领清军进入昆明，永历帝仓皇逃奔永昌，随后出境流亡缅甸。至此，清军迅速占领了云南全省。
清军虽然赶跑了永历帝，但由于云南、贵州地处西南边陲，久经战乱，民生残破，加上永历帝依旧在缅甸活着，其手下大将李定国、白文选仍在边境地区拥有一定的军事实力；而当地土司又皆首鼠两端，所以清朝必须派遣一个强有力的人在云贵地区常驻，才能起到定心丸的作用。为此，顺治十六年十月，清廷指派吴三桂坐镇云南；康熙元年（1662年）年底，清廷又把贵州正式交予吴三桂统领。
顺治年间的吴三桂，绝对对清朝忠心耿耿。顺治十七年，他上疏倡言不灭永历帝有“三患二难”。清廷对于这位平西王的建议极其重视，很快就决定以内大臣爱星阿为定西将军，率援军奔赴云南，协同吴三桂出征缅甸。
十六年来，四处逃窜、刚届不惑之年的永历帝朱由榔，听说吴三桂率领清朝大军进入缅甸，惊恐至极。但在内心深处，他对这位昔日的大明良将，仍抱有一丝天真的幻想。“雨中黄叶树，灯下白头人”，永历帝满怀凄怆，提笔作书，字字血泪，给吴三桂发去一封亲笔信：
将军新朝之勋臣，亦旧朝之重镇也。世膺爵秩，封藩外疆，烈皇帝（崇祯）之于将军，可谓厚矣。国家不造，闯贼肆恶，覆我京城，灭我社稷，逼我先帝，戮我人民。将军（指吴三桂）志兴楚国，饮泣秦庭，缟素誓师，提兵问罪，当日之初衷，固未泯也。奈何遂凭大国（指清朝），狐假虎威，外施复仇之名，阴作新朝之佐？逆贼既诛后，而南方土宇，非复先朝有矣。
诸臣不忍宗社之颠覆，迎立（我）南阳，枕席未安，干戈猝至，弘光北狩，隆武被弑，仆于此时，几不欲生，犹暇为社稷计乎？诸臣强之再三，谬承先绪，自是以来，楚地失，粤东亡，惊窜流离，不可胜数。犹赖李定国迎我贵州，接我南安，自谓与人无患，与世无争矣。
而将军忘君父之大德，图开创之丰功，提师入滇，覆我巢穴，由是仆渡荒漠，聊借缅人以固吾圉，山遥水长，言笑谁欢？只益悲矣。既失山河，苟全微息，亦自息矣。乃将军不避阻险，请命远来，提数十万之众，穷追逆旋，何以视天下之不广哉？
岂天覆地载之中，犹不容仆一人乎？抑封王赐爵之后，犹欲歼仆以徼功乎？既毁我室，又取我子，读鸱鸮之章，能不惨然心恻乎？将军犹是世禄之裔，即不为仆怜，独不念先帝乎？即不念先帝，独不念列祖列宗乎？即不念列祖列宗，独不念己之祖若父乎？
不知大清何恩何德于将军，仆又何仇何怨于将军也？将军自以为智，适成其愚，自以为厚，适成其薄。千载而下，史有传，书有载，当以将军为何如也？
仆今日兵衰力弱，茕茕之命，悬于将军之手矣。如必欲仆首领，则虽粉骨碎身，所不敢辞。若其转祸为福，或以遐方寸土，仍存三恪，更非敢望。
苟得与太平草木，同沾雨露于新朝，纵有亿万之众，亦当付于将军矣！惟将军命之。
将军臣事大清，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之大德也。惟冀裁之。
没落帝王，流离龙子，低首乞哀，字字有血，笔笔带泪。信中的辛酸委屈，铁石心肠之人也会有所触动。
这封信，不仅仅是哀求一己之生，永历帝也从吴三桂自身着想，一针见血指出：将军您自己试想，连对家门世受其恩禄的旧主都肯斩尽杀绝、不留一丝情面的人，新主子清朝统治者在“赞叹”之余，内心深处真的对您吴三桂不会起疑心吗？而且，万世千秋，史有传，书有载，当以你吴三桂为什么人呢？
1660年年底，由于吴三桂大军临江而阵，缅甸土王大惊，忙遣使奉十六个大金盘，里面盛满贡物，前往清军军营示诚。
吴三桂也不同土王使者多说，只表示一个意思：马上送来永历帝，否则，清军过江屠城。
缅甸土王惶恐惊惧，立刻执行吴三桂的命令，派人去见永历帝，哄骗说：“李定国大军又来了，有马步军数万人，临江索求，定要见皇帝！”
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